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Petite base, gros impact.
Auteur: Benedikt Haerlin.
L’article a d’abord été publié dans Kultur und Politik 3/23. Avec l’aimable autorisation de l’auteur, nous le publions sur ce site, traduit de l’allemand.
Introduction
L’ajout, la suppression ou l’échange de quelques paires de bases dans le patrimoine génétique peut faire une énorme différence pour le fonctionnement d’une cellule et les caractéristiques d’un organisme entier. C’est un peu comme la définition de Jean-Sébastien Bach de la maîtrise du piano : il suffit d’appuyer sur la bonne touche au bon moment. C’est à la fois si simple et si difficile. C’est là que réside l’attrait du génie génétique, mais aussi son risque.
La Commission européenne voudrait que les plantes dont le patrimoine génétique a été modifié jusqu’à vingt endroits soient traitées comme les plantes cultivées de manière traditionnelle. Sur ces vingt emplacements, il serait possible de détruire ou d’inverser l’ordre de n’importe quel nombre de paires de bases (nucléotides), de modifier ou de remplacer jusqu’à 20 paires de bases, de remplacer n’importe quelle séquence d’ADN voisine par des séquences apparentées et d’effectuer toute autre modification de n’importe quelle longueur déjà présente dans n’importe quelle plante pouvant être croisée avec la plante directement ou par des étapes intermédiaires.
La Commission a introduit le terme de « nouvelles techniques génomiques » pour désigner ce nouveau génie génétique, qui ne doit plus être traité comme tel (dans un premier temps, uniquement pour les plantes). Il s’agit en particulier de la technologie CRISPR-Cas, appelée « ciseaux génétiques », qui produit une double rupture de l’ADN à des endroits bien définis du génome. Lors de sa réparation par la cellule, l’ADN peut ensuite être modifié de manière ciblée. Une ou plusieurs paires de bases peuvent être réécrites ou supprimées, des segments d’ADN plus longs peuvent être mis au repos ou réinsérés à l’endroit de la cassure. Pour ce faire, l’ADN bactérien de l’enzyme CRISPR-Cas et son mécanisme de recherche d’ARN sont d’abord introduits dans la cellule par des méthodes classiques de génie génétique, et par la suite autant que possible à nouveau retirés.
Une nouvelle histoire du génie génétique
Selon la justification centrale de la réévaluation proposée, cette « édition du génome » ne concerne que des « mutations ciblées » qui pourraient également se produire « de manière naturelle » par la sélection traditionnelle. Les risques pour l’environnement et la santé humaine qui y sont liés ne seraient donc en principe pas plus élevés que les produits de la sélection conventionnelle. De plus, ils ne peuvent même pas être distingués de manière fiable de ces derniers. Contrairement aux organismes « transgéniques », qui contiennent de l’ADN « étranger à l’espèce » provenant d’un autre organisme, la « cisgénèse » n’insère que des copies exactes de matériel génétique provenant de plantes apparentées, déjà disponibles dans le « pool génétique des cultivateurs » de ces plantes quelque part dans le monde. Si la copie d’ADN n’est pas exactement la même, mais a déjà été quelque peu « réarrangée », par exemple à partir de différents segments d’ADN présents dans le « pool génétique des cultivateurs », il s’agit d' »intragenèse ». Elle peut également être traitée comme s’il s’agissait d’une sélection traditionnelle.
C’est un nouveau dogme, une vérité alternative sur ce que signifie le génie génétique et comment il fonctionne. Depuis que CRISPR/Cas a ravivé l’imagination essoufflée du secteur du génie génétique, cette histoire est massivement diffusée : Il ne s’agit pas d’un véritable génie génétique, mais d’une mutagénèse presque naturelle. Puis, en 2018, la Cour de justice de l’Union européenne a rendu un jugement de principe selon lequel toutes les nouvelles méthodes de génie génétique relèvent de la législation européenne en vigueur en matière de génie génétique. Faute d’expérience pratique et grâce aux nouvelles possibilités techniques, les nouvelles méthodes de génie génétique pourraient même être plus risquées que les méthodes précédentes. Depuis, un lobby industriel de plusieurs millions de dollars et un département plutôt modeste de la direction générale de la santé de la Commission européenne s’emploient à modifier la loi sur la base de laquelle la CJCE a rendu son jugement : Celui qui ne peut pas modifier le jugement doit réécrire la loi.
Si vous cherchez de la littérature scientifique sur la cisgénèse, l’intragenèse ou le « breeders gene pool », vous ne trouverez ces termes qu’en rapport avec la pratique d’autorisation du génie génétique en Europe, qui ne serait plus adaptée à notre époque. Le récit des transgènes risqués et des cisgenes et intragenes inoffensifs, des manipulations génétiques grossières du passé et des mutations précises de l’avenir offre aux personnes travaillant dans la politique, les entreprises alimentaires et agricoles une possibilité de présenter leur engagement en faveur de la dérégulation du génie génétique non pas comme un changement d’attitude politique, mais comme une connaissance scientifique récente. Ici, des personnes qui considèrent depuis longtemps que l’utilisation du génie génétique dans la sélection ne présente aucun danger et que la législation actuelle de l’UE en matière de génie génétique est totalement exagérée, ont inventé un conte de fées pour les politiciens et le grand public, qui permet de sortir rapidement de toute cette « absurdité ». Les plantes « dont le génome a été édité » en sont le point de départ. L’Autorité européenne de sécurité des aliments (EFSA) travaille déjà à la réévaluation des modifications génétiques des micro-organismes.
«La littérature médicale sur les conséquences involontaires et imprévues de l’utilisation de CRISPR-Cas est accablante. Il n’y a aucune raison de supposer que les listes seraient plus courtes chez les plantes – mais ce n’est pas ce que nous recherchons ici. »
Est-ce un peu plus complexe ?
Toutefois, ce récit sur les bons gènes et les gènes étrangers et sur ce qui est naturel et ce qui ne l’est pas est en contradiction avec de nombreuses découvertes récentes de la biologie moléculaire. En effet, il est de plus en plus reconnu que les cellules et les organismes lisent et combinent des segments d’ADN selon des règles qui ne sont pas simplement « programmées » dans l’ADN lui-même.
La découverte, il y a 20 ans, par le Human Genome Project, que le corps humain produit plus de 200 000 protéines différentes avec seulement 25 000 gènes, c’est-à-dire des segments d’ADN lisibles, a fondamentalement modifié notre vision de ce que l’on appelle le plan de construction de la vie. Depuis, l’épigénétique a fait un grand nombre de découvertes qui relativisent l’image naïve de l’ADN comme code de programmation. Il s’agit notamment des multiples fonctions de l’ARN : des molécules en chaîne semblables à l’ADN, généralement à un seul brin et dont la formation est beaucoup plus complexe ; de même, les 99 pour cent de l’ADN qui ne codent pas le plan de construction des protéines et qui, pour cette raison, ont été initialement qualifiés d' »ADN poubelle ». Il est fascinant de constater que plus la science avance dans ces domaines de connaissance, plus l’image devient complexe. La technologie CRISPR-Cas, qui permet de « désactiver » de manière ciblée certains gènes, offre à la recherche un nouvel instrument extrêmement puissant.
En simplifiant grossièrement, on pourrait peut-être comparer l’ADN à une sorte de câblage fixe dont se sert un « logiciel » de la cellule, jusqu’ici très incomplètement compris, dans différentes cellules et à différents stades de développement et dans différentes conditions environnementales. Intervenir directement dans l’ADN, par ignorance et en contournant les règles et les mécanismes de contrôle naturels de l’hérédité, peut entraîner des risques et des effets secondaires inattendus. Une telle profondeur d’intervention, selon la réflexion de base menée jusqu’à présent dans la législation préventive sur le génie génétique de l’UE comme de la Suisse, nécessite une prudence particulière. En effet, notre expérience de ce type d’intervention et de ses effets directs et indirects, à court et à long terme, reste limitée.
C’est là que s’arrête malheureusement le récit de l’immense précision de la nouvelle technologie. Seuls ceux qui comprennent dans quels contextes ils interviennent directement ou indirectement peuvent prétendre à une véritable précision. En revanche, celui qui peut tout au plus indiquer les probabilités avec lesquelles certaines modifications, aussi précises soient-elles, de certains segments d’ADN produisent des propriétés modifiées, est encore loin d’une véritable causalité et d’une évaluation fiable des possibilités non souhaitées. Même un coup d’épée dans l’eau mené avec une extrême précision reste un coup d’épée dans l’eau.
« À l’avenir, ce n’est plus l’organisme réel qui sera pris en compte, mais uniquement le concept inventif de cet OGM (…) et les examinateurs l’examineront sur dossier. »
Incohérences
Il subsiste des objections scientifiques et techniques au récit de la mutation ciblée et de sa précision inouïe. Il s’agit notamment du fait que les enzymes CRISPR-Cas peuvent certes être placées de manière très précise sur une séquence déterminée de paires de bases que leur « nez » d’ARN recherche. Elles connaissent un endroit de leur choix où une rupture ciblée du double brin de l’hélice doit être provoquée. Mais la question de savoir combien d’autres séquences identiques ou faussement similaires se trouvent à d’autres endroits du génome reste ouverte. La littérature médicale sur les conséquences involontaires et imprévues de l’utilisation de CRISPR-Cas est accablante. Il n’y a aucune raison de supposer que les listes seraient plus courtes chez les plantes – mais ce n’est pas ce que nous recherchons ici. La description d’un effet appelé « chromothripsis » de cassures double brin dans les plantes, au cours duquel des parties du chromosome concerné se détachent, a récemment fait sensation, avec des conséquences massives qui ne sont toutefois pas toujours facilement reconnaissables. Cet effet était déjà connu depuis longtemps dans les cellules de mammifères et d’humains.
Le fait que CRISPR-Cas provoque également des ruptures dans des régions du génome qui sont naturellement particulièrement bien protégées contre les mutations aléatoires remet fortement en question l’affirmation selon laquelle les mutations ciblées ne sont en fait que des variantes inoffensives de ce qui se passe constamment dans la nature.
Enfin, le mécanisme particulier de CRISPR-Cas, qui consiste à modifier simultanément non pas une, mais toutes les localisations d’une séquence d’ADN donnée dans le génome, est un effet qui peut être exclu avec une quasi-certitude dans le cas de mutations naturelles. Il est d’ailleurs considéré comme un point fort de la technique : il pourrait être possible de supprimer la production de gluten dans le blé, avec ses quatre à six jeux de chromosomes et le nombre correspondant de copies des différents gènes.
A cela s’ajoute une approche par laquelle George Church, un pionnier et enfant terrible du génie génétique, veut ressusciter le loup marsupial de Tasmanie ou le mammouth. Petit à petit, il veut enchaîner les modifications CRISPR afin de combler les 0,4% de différence entre le génome du mammouth et celui de l’éléphant d’Asie. Pour des objectifs de sélection végétale moins ambitieux, la juxtaposition systématique de « mutations ciblées » individuelles n’est pas forcément une tâche titanesque. Des séquences d’ADN entières conçues à l’écran pourraient ainsi être transmises pas à pas à un organisme ; si cela fait plaisir à la Commission européenne, même par étapes individuelles de 20 fois 20 modifications. Car, conclut-elle, ce qui ne doit pas être ne peut pas être.
La méthode d’évaluation des risques doit également être modifiée : à l’avenir, ce n’est plus l’organisme réel qui sera pris en compte, mais uniquement le concept inventif de cet OGM. Les producteurs informeront l’autorité des modifications envisagées et les examinateurs examineront sur dossier, dans un délai de 30 jours, si, selon eux, ces modifications peuvent également être obtenues par des techniques de sélection traditionnelles ou si elles sont de nature cisgénétique ou intragénétique.
Tenir compte des changements réels, même non intentionnels, n‘est plus prévu. Cela rappelle le fameux ivrogne qui cherche le trousseau de clés perdu sous le réverbère, car c’est le seul endroit où il y a de la lumière. En revanche, l’expérience nous apprend qu’il faut chercher les risques et les effets secondaires précisément là où on ne les attend pas.
A propos de trousseau de clés : le nombre énigmatique de 20 nucléotides au maximum, qui doivent désormais passer pour des « mutations naturelles », provient à l’origine – selon l’hypothèse des scientifiques impliqués – d’une étude menée en 2011 sur les différences génétiques naturelles dans 80 plantes de la même espèce (le vulpin des champs, sorte de souris de laboratoire des généticiens des plantes). A l’époque, la méthode de test utilisée ne permettait pas, au regret actuel des scientifiques, de reconnaître avec la même fiabilité des séquences plus longues. Il semble donc que ce chiffre soit dû en premier lieu aux limites des méthodes de test utilisées à l’époque.
Sur quel chemin voulons-nous nous engager ?
Tout cela pourrait faire l’objet de discussions, de moqueries et de philosophies. Mais il est possible qu’au cours des prochaines années, nous assistions à des bouleversements époustouflants de nos conceptions actuelles de la génétique et de l’épigénétique, de l’ADN et de la microbiologie, qui vont bien au-delà de celles des décennies passées. Il suffit de penser aux connaissances révolutionnaires qui s’imposent actuellement dans le public sur le microbiome ou aux possibilités de calculer en quelques minutes, et non plus en plusieurs années, le pliage tridimensionnel des protéines au moyen de ce que l’on appelle l’intelligence artificielle. Les ordinateurs le font avec des programmes auto-apprenants dont même les inventeurs ne peuvent plus comprendre la logique. Que cela nous enthousiasme ou nous effraie, nous devons nous préparer à de nouvelles découvertes révolutionnaires et à des possibilités d’application bouleversantes dans l’agriculture et l’alimentation.
Au vu des dommages que nous causons actuellement à la nature dans ce domaine, il ne fait aucun doute que des changements fondamentaux sont nécessaires dans l’agriculture. C’est précisément pour cette raison que nous ne pouvons pas nous permettre de continuer les idioties génétiques telles que les monocultures tolérantes aux herbicides de Bayer, Syngenta et Corteva, ni de les poursuivre par d’autres moyens. En premier lieu, il faut sortir de l’agriculture industrielle du siècle dernier, de sa surfertilisation et de son empoisonnement, de sa surproduction inefficace, de son gaspillage et de l’éviction des moyens d’existence des paysans et de la production d’aliments de qualité toujours plus médiocre. Manquer cette transition agro-écologique ne serait pas seulement risqué, mais constituerait à coup sûr un danger mortel.
Les rabâchages et les subterfuges de la définition de la cisgénèse, de l’intragénèse et du pool génétique des éleveurs ne vont pas seulement à l’encontre des exigences d’une science solide et fondée sur des preuves. Ils détournent également l’attention des véritables défis et des dangers et risques potentiels. Il faut également parler de la maîtrise et de l’impact écologique, sanitaire et social des technologies et des voies de développement, au-delà des risques techniques au sens strict.
La baisse des coûts du séquençage des génomes et de leur traitement numérique, ainsi que de la technique CRISPR-Cas, joue également un rôle essentiel dans la probabilité d’erreurs techniques et d’abus. Dans la phase actuelle de ruée vers l’or généralisée, renoncer à toute identification et à toute évaluation des risques d’étiquetage et de surveillance est contraire au bon sens. La déréglementation en période d’explosion de l’innovation technologique à l’issue incertaine est le contraire de la précaution et de la prudence.
« La déréglementation du génie génétique s’associe potentiellement de manière fatale à la soif de « propriété intellectuelle » des semences et des propriétés génétiques individuelles. »
Le nouvel ordre des semences
A qui appartiendront à l’avenir les nouvelles, mais aussi les anciennes possibilités technologiques ? La déréglementation du génie génétique s’associe potentiellement de manière fatale à la soif de « propriété intellectuelle » des semences et des propriétés génétiques individuelles. Selon le droit européen des brevets en vigueur, tout ce qui est développé à l’aide de CRISPR-Cas et de techniques génétiques similaires ne tombe plus sous le coup de l’interdiction fondamentale de breveter les « procédés essentiellement biologiques de production de plantes et d’animaux » (la sélection traditionnelle par exemple) et leurs produits. CRISPR-Cas ouvrirait donc la porte à la brevetabilité des semences ou de certaines de leurs caractéristiques, et non plus « seulement » à la protection des variétés. Ce n’est pas la seule voie qu’empruntent actuellement les avocats spécialisés dans les brevets de Bayer, Corteva, Syngenta & Co, mais c’est la plus simple.
La différence essentielle : avec les variétés protégées, les obtenteurs peuvent continuer à développer de nouvelles variétés sans avoir besoin de l’accord du propriétaire de la variété. Les agriculteurs peuvent obtenir et optimiser leurs propres semences à partir de ces variétés. En revanche, avec les semences brevetées, rien ne fonctionne sans l’accord et la licence du titulaire du brevet. Cela vaut, et c’est là que l’étiquetage et l’identifiabilité des OGM entrent en jeu, même si la caractéristique brevetée est croisée par hasard dans le matériel de sélection ou de plantation : elle reste la propriété exclusive du titulaire du brevet.
C’est précisément à une époque où l’adaptation et le développement de nouvelles variétés deviennent particulièrement urgents en raison du changement climatique et de la perte de biodiversité que le « verrouillage » de la sélection laisserait le champ libre à un cercle encore plus restreint et exclusif d’entreprises et à leurs cabinets d’avocats. Les restes d' »open source » ancrés dans le droit des variétés seraient ainsi éliminés. Pour chaque entreprise de sélection, la tentation et bientôt la pression de la concurrence seraient grandes d’attribuer une « mutation ciblée » à de nouvelles variétés, afin d’empêcher les paysans de les reproduire et la concurrence d’utiliser le matériel génétique. L’ensemble du marché des semences serait ainsi soumis en relativement peu de temps à un nouvel ordre mondial. Les conséquences sont déjà visibles aujourd’hui en Amérique, où les petites et moyennes entreprises de sélection ont pratiquement disparu. La préservation et le développement de ce qui est peut-être le patrimoine le plus important de l’humanité seraient définitivement réduits à la technologie exclusive de quelques oligarques des semences, ceux-là même qui s’opposent à l’étiquetage et à la traçabilité de ces nouveaux produits du génie génétique sous prétexte qu’ils sont pratiquement impossibles à distinguer des variantes cultivées de manière traditionnelle. S’il s’agit de leurs brevets, ils trouveront certainement les moyens de le faire.
Mesures de précaution dans la pratique
Étant donné que la culture et le génie génétique des plantes s’attaquent toujours à la lignée germinale, c’est-à-dire qu’ils produisent des organismes qui se reproduisent eux-mêmes et dont les propriétés peuvent se croiser et se propager dans la nature à des espèces apparentées, la précaution s’impose. Nous devrions examiner et évaluer les risques potentiels au préalable dans la pratique. L’intervention devrait pouvoir être annulée dans la mesure du possible en cas d’urgence et les OGM disséminés devraient être clairement identifiables à cette fin. Cela ne pose aucun problème technique si les producteurs d’OGM coopèrent et soumettent, comme c’est le cas actuellement, un test faisant partie intégrante du dossier d’autorisation.
La question plus large est la suivante : quel respect avons-nous raisonnablement pour les nouvelles possibilités de manipulation qui se dessinent et pour le vaste ensemble, loin d’être compris, dans lequel nous intervenons par leur intermédiaire ? Et quelle est la prudence qui s’impose face à la capacité d’innovation humaine et aux rapports de force qui en découlent ?
Est-il vraiment judicieux d’offrir des incitations à l’investissement à court terme à la corporation du génie génétique qui, malgré tout le respect que l’on peut lui porter, n’a pas encore apporté la moindre contribution convaincante à la transformation écologique et à la durabilité de l’alimentation et de l’agriculture, en déréglementant largement les prescriptions actuelles en matière de sécurité et de transparence ? De telles avances sont-elles justifiées pour un secteur dont le seul succès économique depuis 30 ans est un système de plantes tolérantes aux herbicides et insecticides qui provoque d’énormes dégâts environnementaux et sanitaires dans le monde entier ?
Respect et honnêteté
Pourquoi ne devrait-on en aucun cas indiquer ce qu’il y a réellement dedans ? Les OGM et leurs produits doivent continuer à être clairement étiquetés. Notamment pour ne pas porter un coup fatal à l’agriculture biologique, qui exclut l’utilisation du génie génétique. La proposition de la Commission européenne continue certes d’affirmer l’interdiction d’utiliser également les nouveaux OGM dans l’agriculture biologique. Mais elle laisse la responsabilité à la seule filière biologique et la réglementation de la coexistence, qui n’est plus que difficilement imaginable, aux États membres. Et à ces derniers, elle leur lie même les mains dans le dos : Les restrictions ou même les interdictions nationales ou régionales de la culture d’OGM, possibles jusqu’à présent, sont exclues pour les nouveaux OGM qui ne sont plus traçables !
La tentative de mettre fin à la controverse sur ce thème en privant à l’avenir les citoyens visiblement intéressés d’informations décisives, selon la devise « la science a constaté que vous n’avez pas à vous en soucier », reste une approche abusive.
Liens utiles
Pour plus d’informations actuelles, lisez
– Parlement Européen, Legislative Train Schedule: Plants produced by certain new genomic techniques in „A European Green Deal“
– STOP OGM: Des scientifiques élèvent la voix contre les plans de dérégulation de la Commission européenne
Site du ministère de l’environnement allemand – Principe de précaution
